Durch viele Jahrhunderte hinweg hat sich in der Organisation der Yakuza eine sehr strenge Hierarchie ausgebildet, die auch
heute noch Anwendung findet. Hier nun eine Erklärung was diese Positionen bedeuten und was ihre Aufgaben sind. (Eine Liste mit freien und vergebenen Positionen findet ihr in den beiden Extrabereichen.)

• Oyabun: Er ist der Führer einer Familie. (Häufig auch Kumicho genannt.) Übersezt bedeutet das Wort Vater und kann mit mit einem Mafiapaten entfernt verglichen werden. Die Untergebenen des Oyabun haben ihm bedingsungslos Gehorsam zu leisten. Entscheidungen von ihm sind unantastbar und unfehlbar. Außerdem gewährt er seinen Kindern (Kobun) Schutz und gute Ratschläge.
  
• Saiko-komon: Diese Person ist der einflussreichste Berater des Oyabun.
  
• Wakagashira: Er ist Stellvertreter und für regionale Gangs verantwortlich. In seinem Gebiet ist er der Boss und hat nur dem Oyabun bzw. dem Saika-komon Rechenschaft abzulegen.
  
• Shateigashira: Ein untergebener regionaler Chef.
  
• Shingiin/Kaikei: Dem Saiko-komon untergeben. Shingiin sind rechtliche Berater und Kaikei Buchhalter.
  
• Kyodai: Als "große Brüder" bezeichnet.
  
• Shatei: "Kleine Brüder" führen Jugendbanden an und sind den Kyodai untergeordnet.
  
  
• Kobun: sind Schützlinge des Oyabun - meist leibliche Söhne oder adoptiert.
  
• Fuku-Honbucho: ist für seine eigene Gruppe zuständig und unterstützt den Wakagashira.
  
• Kohai: Söhne von einflussreichen und wohlhabenden Yakuzamitgliedern.
  
• So-Honbucho: Hauptgeschäftsstellenleiter
  
• Komon: So werden allgemein die Berater in der Yakuza genannt.
  
• Kumicho-hiso: Sekretäre des Oyabun
  
• Wakagashira-hosa:Untergebene des Wakagashira.
  
• Kigyo-shatei: Geschäftsbrüder
  
• Wakashu: Handlanger der Shatei (z.B. Zuhälter, kleine Killer, Geldeintreiber..).